Naruto logró lo impensable: venció a Neji usando el chakra del Kyubi. Ahora todos saben que no es solo un niño problemático, sino un poderoso ninja cuya evolución hay que seguir con cuidado. Sin embargo, la atención del auditorio se centra en Sasuke, quien por fin llegó para enfrentar a Gaara. ¡La pelea estelar da inicio! Pero de pronto, ¡Orochimaru se quita su disfraz y encierra al tercer Hokage dentro de una barrera impenetrable y usa un jutsu prohibido para resucitar a los primeros dos Hokages! Mientras tanto, Naruto y sus amigos persiguen a Sasuke, quien a su vez persigue a un Gaara que parece estar sufriendo una horrible transformación.
Sasuke está a punto de enfrentar a Gaara, quien reanuda la extraña transformación que mostró durante el examen chunin. Si Naruto y los demás no llegan a tiempo, el Uchiha estará en graves problemas. Mientras tanto, Orochimaru continúa peleando contra el tercer Hokage, quien arriesga su vida en una última técnica letal. Al fin, un Naruto totalmente enfurecido libra un duelo contra Gaara transformado. ¿Qué ganará: el altruismo o el egoísmo? Por otro lado, en Konoha, el combate entre Orochimaru y el Hokage concluye, pero un nuevo peligro se aproxima a la aldea.
Después de la batalla de Konoha, Jiraiya decide que Naruto sea su nuevo discípulo y lo lleva de viaje a buscar a la tercera integrante de los Sannin Legendarios. Mientras tanto, dos oscuros personajes siguen su rastro, y uno de ellos es el temible Itachi, el hermano de Sasuke. ¿Qué plan tiene el Uchiha? Después, ¡el Castillo Tanzaku se estremece! Tsunade, la nueva candidata a Hokage, se reúne con Orochimaru, quien le propone un trato diabólico para que le cure los brazos. Así, Naruto y Jiraiya la encuentran sumamente desconcertada. ¡¿Qué decisión tomará?!
El empeño del joven Uzumaki ayuda a Tsunade a tomar una decisión al respecto de la siniestra propuesta de Orochimaru. Ahora es tiempo de una batalla letal entre este último y Kabuto contra Tsunade, Shizune, Jiraiya y Naruto. Una vez de vuelta en la aldea, Naruto y Sasuke, quienes poco a poco tomaron caminos separados para definir su destino, se enfrentan en un duelo y, por supuesto, Sakura queda en medio ambos. Por su parte, Tsunade hace gala de su enorme poder curativo. ¿Qué sucederá con Lee?
Algo misterioso sucede en Konoha: Sasuke se marcha repentinamente y nadie sabe si es por iniciativa propia o por petición de Orochimaru. Para evitar que ocurra algo terrible, la nueva Hokage, Tsunade, le ordena a Shikamaru, quien ahora es chunin, que convoque a un grupo de genin para que vayan a buscar al joven Uchiha. Los elegidos: Naruto, Neji, Kiba y Choji. Sin embargo, el camino será difícil, pues deben enfrentar a los Cuatro del Sonido. Choji libra un duelo con Jirobo y Neji desafía a Kidomaru, quien utiliza hilos como si fuera una araña.
¡Comienza la primera batalla de la etapa final del examen Chunin! Naruto, el eterno perdedor, va tras Neji, el genio que lleva consigo una enorme carga. ¡Ha llegado el momento de rendir cuentas!
¡Sasuke abandona la aldea y a sus compañeros para ir en busca de más poder con Orochimaru, pero Naruto está decidido a llevarlo de vuelta! ¡En la mente de Sasuke, Itachi, su hermano, le dice que debe matar a su amigo más cercano, y este decide seguir su indicación al pie de la letra! ¡El Rasengan de Naruto y el Chidori de Sasuke colisionan! ¡¿Quién será el vencedor de este combate sin precedentes?!
¡Sasuke abandona la aldea y a sus compañeros para ir en busca de más poder con Orochimaru, pero Naruto está decidido a llevarlo de vuelta! ¡En la mente de Sasuke, Itachi, su hermano, le dice que debe matar a su amigo más cercano, y este decide seguir su indicación al pie de la letra! ¡El Rasengan de Naruto y el Chidori de Sasuke colisionan! ¡¿Quién será el vencedor de este combate sin precedentes?!
¡Naruto y sus compañeros salen en busca del escondite de Akatsuki para rescatar a Gaara, quien fue secuestrado, pero Itachi aparece en medio del camino! ¡Mientras tanto, Kisame se presenta frente al grupo liderado por Gai! Una vez en en la guarida de Akatsuki, Naruto encuentra a Gaara totalmente cambiado y sale tras Deidara. ¡Mientras tanto, Sasori enfrenta a Sakura y la abuela Chiyo!
¡Un combate mortal llega a su fin! Sasori, quien transformó su cuerpo en una marioneta, ataca a Sakura y a la abuela Chiyo con todo su poder. Mientras tanto, Naruto y Kakashi persiguen a Deidara. ¡Después, nace un nuevo equipo Kakashi y Yamato, de Anbu, asume el puesto de capitán! Por otro lado, Sai, exmiembro de Raíz, división de entrenamiento de Anbu, es elegido para sustituir a Sasuke, ¡pero Naruto y Sakura no están conformes con ello!
Naruto emprende un viaje de entrenamiento con Jiraiya y encuentra un visitante extraño... ¿¡Cuál es el propósito del hermano mayor de Sasuke, Itachi y Hoshigaki Kisame!? Intentan llevarse a Naruto, que está parado, pero en ese momento, ¡Sasuke irrumpe! Volumen 17 de Fuunkyu!!
¡¡El Castillo Tanzaku está temblando!! ¡¡Tsunade está a punto de perder de vista a Orochimaru!! Orochimaru le pone una condición diabólica a Tsunade: si ella trata sus dos brazos heridos... ¡Jiraiya y Naruto aparecen ante Tsunade, quien está en un estado de confusión! ¿Qué elegirá Tsunade?
Desilusionada tras la muerte de sus seres queridos. Tsunade está dispuesta a ceder a la oferta de Orochimaru y curar los brazos de su antiguo compañero. Ahora, con la fecha límite para la apuesta con el "Perdedor legendario", ¡Naruto tendrá que cumplir su palabra en el campo de batalla!
¡Ninja contra ninja! ¡Y Sakura está atrapada en el medio! Con los Cuatro del Sonido acercándose y Lee en el hospital, los tres amigos se lanzan hacia un futuro incierto y descubren que crecer a veces significa distanciarse.
¡Pain y Konan finalmente van tras Jiraiya, quien se infiltró en Amegakure! ¡La verdadera identidad del líder de Akatsuki resulta ser alguien a quien Jiraiya conoce muy bien! ¡¿Cuál es su relación y qué clase de poder temible posee Pain, a quien llaman “Dios”?! ¿Jiraiya logrará descifrar el misterio? Mientras tanto, Sasuke por fin se encuentra cara a cara con Itachi. ¡La gran confrontación entre hermanos comienza!