El empeño del joven Uzumaki ayuda a Tsunade a tomar una decisión al respecto de la siniestra propuesta de Orochimaru. Ahora es tiempo de una batalla letal entre este último y Kabuto contra Tsunade, Shizune, Jiraiya y Naruto. Una vez de vuelta en la aldea, Naruto y Sasuke, quienes poco a poco tomaron caminos separados para definir su destino, se enfrentan en un duelo y, por supuesto, Sakura queda en medio ambos. Por su parte, Tsunade hace gala de su enorme poder curativo. ¿Qué sucederá con Lee?
Algo misterioso sucede en Konoha: Sasuke se marcha repentinamente y nadie sabe si es por iniciativa propia o por petición de Orochimaru. Para evitar que ocurra algo terrible, la nueva Hokage, Tsunade, le ordena a Shikamaru, quien ahora es chunin, que convoque a un grupo de genin para que vayan a buscar al joven Uchiha. Los elegidos: Naruto, Neji, Kiba y Choji. Sin embargo, el camino será difícil, pues deben enfrentar a los Cuatro del Sonido. Choji libra un duelo con Jirobo y Neji desafía a Kidomaru, quien utiliza hilos como si fuera una araña.
¡Comienza la primera batalla de la etapa final del examen Chunin! Naruto, el eterno perdedor, va tras Neji, el genio que lleva consigo una enorme carga. ¡Ha llegado el momento de rendir cuentas!
¡Sasuke abandona la aldea y a sus compañeros para ir en busca de más poder con Orochimaru, pero Naruto está decidido a llevarlo de vuelta! ¡En la mente de Sasuke, Itachi, su hermano, le dice que debe matar a su amigo más cercano, y este decide seguir su indicación al pie de la letra! ¡El Rasengan de Naruto y el Chidori de Sasuke colisionan! ¡¿Quién será el vencedor de este combate sin precedentes?!
¡Sasuke abandona la aldea y a sus compañeros para ir en busca de más poder con Orochimaru, pero Naruto está decidido a llevarlo de vuelta! ¡En la mente de Sasuke, Itachi, su hermano, le dice que debe matar a su amigo más cercano, y este decide seguir su indicación al pie de la letra! ¡El Rasengan de Naruto y el Chidori de Sasuke colisionan! ¡¿Quién será el vencedor de este combate sin precedentes?!
¡Naruto y sus compañeros salen en busca del escondite de Akatsuki para rescatar a Gaara, quien fue secuestrado, pero Itachi aparece en medio del camino! ¡Mientras tanto, Kisame se presenta frente al grupo liderado por Gai! Una vez en en la guarida de Akatsuki, Naruto encuentra a Gaara totalmente cambiado y sale tras Deidara. ¡Mientras tanto, Sasori enfrenta a Sakura y la abuela Chiyo!
¡Un combate mortal llega a su fin! Sasori, quien transformó su cuerpo en una marioneta, ataca a Sakura y a la abuela Chiyo con todo su poder. Mientras tanto, Naruto y Kakashi persiguen a Deidara. ¡Después, nace un nuevo equipo Kakashi y Yamato, de Anbu, asume el puesto de capitán! Por otro lado, Sai, exmiembro de Raíz, división de entrenamiento de Anbu, es elegido para sustituir a Sasuke, ¡pero Naruto y Sakura no están conformes con ello!
Naruto emprende un viaje de entrenamiento con Jiraiya y encuentra un visitante extraño... ¿¡Cuál es el propósito del hermano mayor de Sasuke, Itachi y Hoshigaki Kisame!? Intentan llevarse a Naruto, que está parado, pero en ese momento, ¡Sasuke irrumpe! Volumen 17 de Fuunkyu!!
¡¡El Castillo Tanzaku está temblando!! ¡¡Tsunade está a punto de perder de vista a Orochimaru!! Orochimaru le pone una condición diabólica a Tsunade: si ella trata sus dos brazos heridos... ¡Jiraiya y Naruto aparecen ante Tsunade, quien está en un estado de confusión! ¿Qué elegirá Tsunade?
Desilusionada tras la muerte de sus seres queridos. Tsunade está dispuesta a ceder a la oferta de Orochimaru y curar los brazos de su antiguo compañero. Ahora, con la fecha límite para la apuesta con el "Perdedor legendario", ¡Naruto tendrá que cumplir su palabra en el campo de batalla!
¡Ninja contra ninja! ¡Y Sakura está atrapada en el medio! Con los Cuatro del Sonido acercándose y Lee en el hospital, los tres amigos se lanzan hacia un futuro incierto y descubren que crecer a veces significa distanciarse.
¡Pain y Konan finalmente van tras Jiraiya, quien se infiltró en Amegakure! ¡La verdadera identidad del líder de Akatsuki resulta ser alguien a quien Jiraiya conoce muy bien! ¡¿Cuál es su relación y qué clase de poder temible posee Pain, a quien llaman “Dios”?! ¿Jiraiya logrará descifrar el misterio? Mientras tanto, Sasuke por fin se encuentra cara a cara con Itachi. ¡La gran confrontación entre hermanos comienza!
¡Un jutsu imposible de esquivar! Sasuke lanza un último ataque y provoca el Amaterasu de Itachi. ¡¿La técnica de Sasuke funcionará bajo un cielo cubierto de nubes de tormenta eléctrica?! Pronto Sasuke tendrá una inesperada revelación sobre su hermano. ¡Mientras tanto, Naruto y los demás, frenados por Akatsuki, se preparan para intentar acabar con Tobi! Poco después, los Sapos Sabios llevan a Konoha la noticia del fallecimiento de Jiraiya. A Naruto le cuesta aceptar la muerte de su maestro…
¡Killer B libera el poder de la bestia y enfrenta al grupo de Sasuke, quien observa cómo sus compañeros caen uno tras otro ante un chakra sobrehumano! ¡Mientras tanto, Naruto se sumerge en el entrenamiento de Senjutsu lejos de Konoha, la cual se transforma en un campo de batalla a causa de la invasión de Pain! Todos los shinobi de la aldea contraatacan, pero cada vez hay más víctimas de las misteriosas habilidades del enemigo. ¡Kakashi, quien ya gastó todo su chakra, se encuentra en problemas!
Naruto comienza un ataque feroz en Modo Sabio y acorrala a Pain, pero este logra someterlo con su increíble poder. Sin embargo, tras un arduo combate, el joven Uzumaki decide reprimir el odio que siente hacia su enemigo y escucha la historia de su pasado para encontrar una respuesta. Consciente de la cadena de odio que existe en el mundo shinobi, ¡Naruto por fin llega a una conclusión!