El día que Taiju Oki, un alumno de bachillerato grande y fuerte pero algo torpe, decide declararle su amor a Yuzuriha, sucede un fenómeno inesperado: toda la humanidad se convierte en piedra en un abrir y cerrar de ojos. Miles de años más tarde, Taiju vuelve a la normalidad y se entera de que su amigo Senkû, un científico de mente ilustre, también ha sobrevivido. Juntos encuentran una fórmula para volver a la vida a las estatuas que siguen intactas y se ponen como objetivo construir una civilización desde cero.
La humanidad se convierte en piedra en un abrir y cerrar de ojos. Taiju Oki, un alumno de bachillerato grande y fuerte, y su amigo Senku, un científico de mente ilustre, reviven y se marcan como objetivo construir una civilización desde cero. Tras revivir a Yuzuriha, nuestros protagonistas se ponen manos a la obra para detener la masacre de Tsukasa y deciden dirigirse a Hakone con el objetivo de producir pólvora para combatir. Una vez allí, avistan señales de humo a lo lejos y Senku decide correr el riesgo de responder.
Senku llega a la aldea de Kohaku, donde intenta reclutar más aliados. Tras su encuentro con Kinro y Ginro y dejarlos impresionados con sus “hechizos” se bate en un duelo de ciencia con Chrome, del que sale victorioso. Entonces, ambos deciden colaborar para crear una remedio que cure la enfermedad de la hermana de Kohaku, la sacerdotisa de la aldea. ¡El gran desafío de levantar el reino de la ciencia dio comienzo!
Después de crear electricidad con éxito, Senku y sus nuevos compañeros empiezan a seguir su hoja de ruta, trazada con el objetivo de elaborar un remedio universal a base de sulfamida. Para ello, se dirigen a una zona muy peligrosa en busca del ingrediente más difícil de obtener, el ácido sulfúrico, pero no van a poder extraerlo sin antes haber diseñado unas máscaras de gas. Poco después, en la aldea está a punto de celebrarse un torneo de artes marciales en el que el cargo de jefe y la mano de la sacerdotisa están en juego.
Después de crear electricidad con éxito, Senku y sus nuevos compañeros empiezan a seguir su hoja de ruta, trazada con el objetivo de elaborar un remedio universal a base de sulfamida. Para ello, se dirigen a una zona muy peligrosa en busca del ingrediente más difícil de obtener, el ácido sulfúrico, pero no van a poder extraerlo sin antes haber diseñado unas máscaras de gas. Poco después, en la aldea está a punto de celebrarse un torneo de artes marciales en el que el cargo de jefe y la mano de la sacerdotisa están en juego.
Byakuya, el padre de Senku, volvió a la tierra después de que toda la humanidad se convirtiera en piedra. ¿Cual es el legado que le dejo a Senku miles de años atrás?.
La aldea Ishigami es atacada por Tsukasa, para defenderse Senku encontrará la solución, las espadas más poderosas: "las hojas de la ciencia".
Senku, Chrome y Magma realizan una expedición en busca de minerales raros para la fabricación de los teléfonos celulares. Después de mucho esfuerzo y gracias a la colaboración de todos los habitantes de la aldea, ¡consiguen fabricar dos unidades! Ahora solo falta hacerles llegar uno de los teléfonos a Taiju y Yuzuriha, quienes se encuentran infiltrados en el imperio de Tsukasa
Después de librarse de la vigilancia de Homura, Chrome, Gen y Magma se infiltran sin problemas en la base del enemigo. Ahí terminan con éxito su misión de esconder el celular, pero tienen que enfrentarse a Ukyô y solo Gen y Magma pueden escapar.
Taiju y Yuzuriha también logran llevar a cabo su misión: reclutar a uno de los hombres de Tsukasa. Mientras tanto, el reino de la ciencia fabrica un automóvil para rescatar a Chrome, preso en el imperio de Tsukasa.
Chrome logra escapar por su cuenta y se reúne con sus compañeros. Senku se reencuentra con Taiju y Yuzuriha después de un año sin verse, pero no tiene tiempo que perder y lanza un ataque sorpresa con el objetivo de recuperar la cueva milagrosa. ¡La batalla final entre el reino de la ciencia y el imperio de Tsukasa comenzó!