En el volumen 5 del manga Neon Genesis Evangelion, la trama se centra en la incorporación de un nuevo piloto al equipo de NERV. Debido a que Asuka no puede operar el EVA, es esencial encontrar un reemplazo para salvaguardar los secretos de la organización. Es entonces cuando aparece Kaworu Nagisa, quien, con habilidad en el pilotaje, se integra al equipo y establece una amistad con Shinji. Esta situación genera en Shinji una creciente confusión debido a los numerosos secretos que va descubriendo.